La persistance de Mycobacterium abscessus et son impact sur l'infection et la virulence // Mycobacterium abscessus persistance and its impact on infection and virulence

Mycobacterium abscessus (Mabs) est un pathogène émergent responsable d'infections sévères, en particulier chez les patients atteints de mucoviscidose, avec des taux d'échec thérapeutique élevés. Ce constat résulte de sa résistance intrinsèque aux antibiotiques et de sa forte capacité à s'adapter aux environnements hostiles rencontrés au cours de l'infection. Parmi ces mécanismes, l'entrée dans un état de persistance, favorisée par des conditions de faible teneur en oxygène prévalant lors de l'internalisation du pathogène dans les cellules du système immunitaire, constitue un déterminant majeur de la survie bactérienne.

Chez les mycobactéries, l'adaptation à l'hypoxie implique le système à deux composants DosS/DosR, qui contrôle un programme transcriptionnel associé au mécanisme de persistance. Des travaux récents suggèrent que, chez Mabs, ce régulon est plus étendu que précédemment estimé. Par ailleurs, la protéine Lsr2, un organisateur du nucléoïde appartenant à la famille des NAPs, a été identifiée par notre équipe comme un régulateur global de la virulence et de l'adaptation au stress, contrôlant notamment l'expression des gènes dosS et dosR. Ces données suggèrent une coordination fonctionnelle entre Lsr2 et le système DosS/DosR dans l'établissement de la persistance, encore non caractérisée chez Mabs.

L'objectif de cette thèse est de décrypter les mécanismes de régulation et la dynamique temporelle de l'établissement de la persistance anaérobie de Mabs, en particulier lors de l'infection des macrophages. Le projet reposera sur une approche intégrative combinant le suivi dynamique de l'expression génique par bioluminescence (système luciférase), des analyses de génomique fonctionnelle (RNA-seq, ChIP-seq) et des approches d'imagerie avancée à l'échelle de la cellule unique.
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Mycobacterium abscessus (Mabs) is an emerging pathogen responsible for severe infections, particularly in patients with cystic fibrosis, with high rates of treatment failure. This is due to its intrinsic resistance to antibiotics and its strong ability to adapt to the hostile environments encountered during infection. Among these mechanisms, entering a state of persistence, promoted by low oxygen conditions prevailing during the internalization of the pathogen into immune system cells, is a major determinant of bacterial survival.

In mycobacteria, adaptation to hypoxia involves the two-component DosS/DosR regulatory system, which controls a transcriptional program associated with the persistence mechanism. Recent work suggests that, in Mabs, this regulon is more extensive than previously estimated. In addition, the Lsr2 protein, a nucleoid organizer belonging to the NAP family, has been identified by our team as a global regulator of virulence and stress adaptation, controlling in particular the expression of the dosS and dosR genes. These data suggest functional coordination between Lsr2 and the DosS/DosR system in the establishment of persistence, which has not yet been characterized in Mabs.

The aim of this thesis is to decipher the regulatory mechanisms and temporal dynamics of the establishment of anaerobic persistence of Mabs, particularly during macrophage infection. The project will rely on an integrative approach combining dynamic monitoring of gene expression by bioluminescence (luciferase system), functional genomics analyses (RNA-seq, ChIP-seq), and advanced imaging approaches at the single-cell level.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Contrats ED : Programme blanc GS-LSaH

Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health

577 Structure et Dynamique des Systèmes Vivants

Nous recherchons un candidat motivé par l'acquisition d'une double compétence en biologie (microbiologie, biologie moléculaire, imagerie) et informatique (traitement données séquençage haut-débit et d'images). Un bon niveau en Anglais, à la fois orale et écrite, sera particulièrement apprécié.
We are looking for a candidate motivated by the acquisition of a double competence in biology (microbiology, molecular biology and imaging) and computer science (high throughput sequencing data and imaging processing). A good level of English, both oral and written, will be particularly appreciated.