Origine et mécanismes de l'endémisme marin dans un archipel périphérique : approche multitaxonomique et génomique au Cap-Vert // Origin and mechanisms of marine endemism in a peripheral archipelago: a multitaxonomic and genomic approach in Cape Verde

Les régions marines périphériques jouent un rôle clé dans la genèse et le maintien de la biodiversité, en particulier en tant que centres d'endémisme. Toutefois, les processus évolutifs à l'origine de l'endémisme marin restent encore mal compris, notamment dans les archipels océaniques isolés. Dans un contexte de changements globaux rapides, une meilleure compréhension de ces mécanismes constitue un enjeu majeur, tant du point de vue fondamental que pour la conservation de la biodiversité marine.
L'archipel du Cap-Vert représente un système modèle exceptionnel pour étudier ces questions. Isolé du continent africain et des grandes provinces biogéographiques atlantiques, il abrite une faune marine riche et fortement endémique, malgré l'absence de récifs coralliens massifs. Les études existantes, limitées à quelques groupes taxonomiques, suggèrent des origines multiples et contrastées des lignées présentes, soulignant la nécessité d'une approche comparative et intégrative.
Ce projet de thèse vise à comprendre les mécanismes évolutifs responsables de la divergence génétique et de l'endémisme marin dans un archipel périphérique, en évaluant le rôle relatif de l'isolement géographique, de la dispersion à longue distance et de l'adaptation locale. Il s'appuie sur un important ensemble d'échantillons biologiques déjà acquis, issus de campagnes océanographiques récentes menées au Cap-Vert et dans d'autres régions atlantiques, couvrant une large diversité de groupes taxonomiques.
La thèse reposera sur une approche multitaxonomique combinant données génomiques (séquences mitochondriales, UCE, ddRADseq/SNPs), analyses phylogénétiques et phylogéographiques, génomique des populations et données morphologiques. Les résultats attendus permettront de caractériser la structuration génétique des populations du Cap-Vert, de reconstituer leur histoire évolutive et d'identifier d'éventuelles signatures d'adaptation locale. Ce travail contribuera à une meilleure compréhension des processus générateurs de biodiversité marine et du rôle des archipels périphériques dans l'innovation évolutive à l'échelle régionale et globale.
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Peripheral marine regions play a key role in the generation and maintenance of biodiversity, particularly as centers of endemism. However, the evolutionary processes underlying marine endemism remain insufficiently understood, especially in isolated oceanic archipelagos. In the context of rapid global change, improving our understanding of these mechanisms represents a major challenge for both fundamental research and marine biodiversity conservation.
The Cape Verde archipelago constitutes an exceptional natural laboratory to address these questions. Isolated from the African continent and from the major Atlantic biogeographic provinces, it hosts a rich and highly endemic marine fauna despite the absence of extensive coral reef systems. Existing phylogenetic and phylogeographic studies, restricted to a limited number of taxa, suggest multiple and sometimes contrasting origins of Cape Verde lineages, highlighting the need for a broad, comparative and integrative approach.
This PhD project aims to investigate the evolutionary processes responsible for genetic divergence and marine endemism in a peripheral archipelago, by assessing the relative roles of geographic isolation, long-distance dispersal and local adaptation. The project will rely on a large collection of biological samples that have already been acquired during recent oceanographic campaigns conducted in the Cape Verde archipelago and in other Atlantic regions, covering a wide diversity of marine taxa.
The research will adopt a multitaxonomic approach combining genomic data (mitochondrial sequences, UCEs, ddRADseq and SNPs), phylogenetic and phylogeographic analyses, population genomics and complementary morphological analyses. Expected outcomes include a detailed characterization of the genetic structure and evolutionary history of Cape Verde populations, as well as the identification of potential signatures of local adaptation. Overall, this work will contribute to a better understanding of the processes generating marine biodiversity and of the role played by peripheral archipelagos in evolutionary innovation at regional and global scales.
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Début de la thèse : 01/10/2026
WEB : https://doi.org/10.17600/18001495

Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral - SU

Sorbonne Université SIS (Sciences, Ingénierie, Santé)

129 Sciences de l'Environnement d'Ile-de-France

Le/la candidat(e) devra avoir un Master en sciences de l'environnement, écologie, biologie marine ou disciplines connexes, avec une forte appétence pour la biodiversité et les systèmes naturels. Des compétences en génomique et analyses de données (bioinformatique, R/Python) sont souhaitées, mais une formation solide en écologie évolutive et en biologie des populations peut également constituer un bon profil. Le candidat doit être capable de conduire un travail pluridisciplinaire, de s'intégrer dans une équipe internationale, et de communiquer clairement ses résultats.
The candidate should hold a Master's degree (or equivalent) in environmental sciences, ecology, marine biology, evolutionary biology, genetics, or a related discipline, with a strong interest in biodiversity and natural systems. Solid training in population biology and ecological or evolutionary processes is expected. Skills in population genomics and data analysis (bioinformatics, R/Python) are desirable, but a strong background in evolutionary ecology and population genetics can also be considered. The candidate must be able to conduct multidisciplinary research, work effectively within an international team, and communicate scientific results clearly in both French and English.