Exploration du microbiome rhizosphérique et endophyte de la chicorée et caractérisation des microorganismes bénéfiques // Exploration of the rhizospheric and endophytic microbiome of chicory and characterization of beneficial microorganisms

La chicorée industrielle (Cichorium intybus var. sativum) est reconnue comme un aliment fonctionnel, dont les effets bénéfiques sur la santé animale et humaine sont attribués à diverses classes de molécules bioactives. Sa composition chimique varie selon le génotype, les conditions de culture et l'écosystème microbien associé. Par ailleurs, les changements climatiques, via des stress abiotiques et biotiques accrus, ainsi que les pratiques agricoles, peuvent fortement affecter la croissance et la résilience de cette plante. Des travaux antérieurs menés dans notre laboratoire ont mis en évidence l'association de la chicorée avec un microbiote spécifique (core microbiota) présentant des propriétés favorables à la nutrition minérale, à la tolérance aux stress et à la résistance aux pathogènes. L'objectif général de ce projet est de quantifier et caractériser, sur les plans génomique et fonctionnel, ces microorganismes bénéfiques afin d'évaluer leur potentiel comme agents de biocontrôle, biofertilisants et biostimulants.
Le projet de thèse s'articule autour de trois objectifs spécifiques. Le premier vise à créer un consortium microbien synthétique (SynCom) de la chicorée, basé sur l'identification précise de souches isolées des différents compartiments de la plante et leur caractérisation génomique par séquençage, annotation et analyses comparatives avec les bases de données publiques, afin d'identifier les gènes associés à des fonctions d'intérêt.
Le second objectif consiste à caractériser le potentiel fonctionnel des microorganismes sélectionnés par des approches microbiologiques in vitro, en évaluant leurs capacités à promouvoir la croissance végétale, améliorer la tolérance aux stress abiotiques et biotiques et exercer une activité antagoniste vis-à-vis des pathogènes.
Enfin, le troisième objectif porte sur l'évaluation du potentiel agronomique des souches sélectionnées, seules ou en SynCom, en conditions contrôlées et au champ. Les effets de biocontrôle, de biostimulation et de biofertilisation seront analysés à travers des paramètres agro-physiologiques, biochimiques et transcriptomiques, ainsi que l'impact sur le microbiote du sol par des approches métagénomiques et méta-transcriptomiques.
Le matériel végétal nécessaire au projet sera fourni par l'entreprise Florimond Desprez, partenaire de l'Université de Lille au sein de l'équipe mixte Chic41H.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Industrial chicory (Cichorium intybus var. sativum) is recognized as a functional food, whose beneficial effects on animal and human health are attributed to various classes of bioactive compounds. Its chemical composition varies according to genotype, cultivation conditions, and the associated microbial ecosystem. In addition, climate change—through increased abiotic and biotic stresses—as well as agricultural practices can strongly affect the growth and resilience of this plant. Previous studies conducted in our laboratory have highlighted the association of chicory with a specific microbiota (core microbiota) exhibiting properties favorable to mineral nutrition, stress tolerance, and resistance to pathogens. The overall objective of this project is to quantify and characterize these beneficial microorganisms at the genomic and functional levels in order to evaluate their potential as biocontrol agents, biofertilizers, and biostimulants.

The PhD project is structured around three specific objectives. The first aims to develop a synthetic microbial consortium (SynCom) associated with chicory, based on the precise identification of strains isolated from different plant compartments and their genomic characterization through sequencing, annotation, and comparative analyses with public databases, in order to identify genes associated with functions of interest.
The second objective is to characterize the functional potential of the selected microorganisms using in vitro microbiological approaches, by assessing their ability to promote plant growth, enhance tolerance to abiotic and biotic stresses, and exert antagonistic activity against plant pathogens.
Finally, the third objective focuses on evaluating the agronomic potential of the selected strains, alone or in SynCom, under controlled conditions and in the field. The effects of biocontrol, biostimulation, and biofertilization will be assessed through agro-physiological, biochemical, and transcriptomic parameters, as well as through analyses of their impact on the soil microbiota using metagenomic and meta-transcriptomic approaches.
The plant material required for the project will be provided by Florimond Desprez, an industrial partner of the University of Lille within the Chic41H joint research team.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/2026

Financement d'un établissement public Français

Université de Lille

104 Sciences de la Matière du Rayonnement et de l'Environnement

Le projet de thèse s'adresse à un(e) candidat(e) titulaire d'un Master (ou équivalent) en biologie végétale, agronomie, microbiologie, biotechnologies ou disciplines connexes. Des connaissances en physiologie végétale et/ou en microbiologie des sols constitueront un atout. Le/la candidat(e) devra démontrer un intérêt marqué pour la recherche expérimentale et le travail en conditions contrôlées et au champ. Des compétences ou une première expérience en techniques de laboratoire (microbiologie, biologie moléculaire, analyses physiologiques ou biochimiques) seront appréciées, de même qu'une sensibilité aux approches « omiques » (transcriptomique, métagénomique, métabolomique) et à l'analyse de données. Au-delà des compétences techniques, le/la candidat(e) devra faire preuve de rigueur scientifique, d'autonomie, de capacité d'organisation et d'un bon esprit d'analyse et de synthèse. Une aptitude au travail en équipe, dans un contexte pluridisciplinaire et partenarial, ainsi qu'un bon niveau d'anglais scientifique (écrit et oral) sont attendus.
The PhD project is open to candidates holding a Master's degree (or equivalent) in plant biology, agronomy, microbiology, biotechnology, or related disciplines. Knowledge of plant physiology and/or soil microbiology will be considered an asset. The candidate should demonstrate a strong interest in experimental research and in working under both controlled conditions and in the field. Skills or initial experience in laboratory techniques (microbiology, molecular biology, physiological or biochemical analyses) will be appreciated, as well as an interest in “omics” approaches (transcriptomics, metagenomics, metabolomics) and data analysis. Beyond technical skills, the candidate is expected to demonstrate scientific rigor, autonomy, good organizational skills, and strong analytical and synthesis abilities. The ability to work in a multidisciplinary and collaborative environment, as well as a good level of scientific English (written and spoken), is required.