Hippoboscidae d'oiseaux : rôle dans la circulation des agents infectieux et la santé aviaire // The Role of Avian Hippoboscidae in the Circulation of Infectious Agents and Avian Health

Les Hippoboscidae (mouches larvipares) d'oiseaux présentent des adaptations morphologiques et écologiques étroitement liées à leurs hôtes, leurs cycles de vie étant synchronisés avec la phénologie aviaire. Certaines espèces sont strictement spécifiques, tandis que d'autres infestent plusieurs hôtes, favorisant ainsi la circulation potentielle d'agents infectieux entre espèces sauvages et domestiques aviaires et non aviaires.

Plusieurs espèces sont impliquées dans la transmission de parasites aviaires tels que Haemosporida et Trypanosoma. Des travaux récents en Europe ont également révélé la présence de divers parasites, bactéries et virus, d'intérêt vétérinaire et zoonotique (notamment Bartonella, Anaplasma, Rickettsia et certains flavivirus). La migration des oiseaux contribue à la dispersion des Hippoboscidae et de leurs pathogènes, et des introductions récentes d'espèces exotiques en France via des oiseaux migrateurs illustrent le risque d'émergence et de reconfiguration des réseaux d'agents infectieux.
Cette thèse vise à caractériser la diversité taxonomique et génétique, la distribution spatio-temporelle et la spécificité d'hôte des Hippoboscidae d'oiseaux en France, ainsi qu'à analyser les agents pathogènes, microbiotes et endosymbiontes qu'elles hébergent, afin d'évaluer leur rôle éco-épidémiologique dans la transmission d'agents infectieux et leur pertinence comme indicateurs de la santé aviaire.

Le travail sera structuré en trois axes complémentaires :
Année 1 - Diversité biologique et écologique des Hippoboscidae
Inventaire national, analyses morphomoléculaires intégratives, structuration des réseaux hôtes-ectoparasites, distribution spatio-temporelle, influence des dynamiques migratoires.
Année 2 - Pathogènes et microbiote des Hippoboscidae
Caractérisation des agents pathogènes (parasites, bactéries, virus) des Hippoboscidae, évaluation des prévalences et des associations selon les espèces d'Hippoboscidae et d'oiseaux. Caractérisation des microbiotes et endosymbiontes associés, et de leur influence sur la modulation de la transmission des pathogènes et la santé aviaire.
Année 3 - Intégration éco-épidémiologique, sentinelles pour la santé aviaire ?

Evaluation intégrative du rôle des Hippoboscidae dans la circulation des agents infectieux et leur pertinence comme indicateurs de santé des populations aviaires résidentes et migratrices.
Le projet s'appuie sur le programme national de sciences participatives PUPIPO, qui a déjà permis de constituer une collection de plusieurs milliers de spécimens d'Hippoboscidae accompagnés de métadonnées détaillées (hôtes, géolocalisation, date, saison). PUPIPO garantit la faisabilité scientifique du projet, permet des analyses spatio-temporelles, et alimentera les collections et bases de données nationales (séquences génétiques, données de biodiversité).

En combinant terrain, analyses morphologiques et moléculaires, métabarcoding et xénomonitoring à haut débit, cette thèse interdisciplinaire intégrera parasitologie, écologie des maladies et conservation de la biodiversité dans une perspective One Health. Elle permettra d'évaluer le rôle éco-épidémiologique des Hippoboscidae et de tester leur capacité à refléter l'état sanitaire des populations aviaires résidentes et migratrices, tout en contribuant au développement d'outils de surveillance de la biodiversité et des risques sanitaires émergents.
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Avian Hippoboscidae (louse flies) are obligate hematophagous ectoparasites exhibiting morphological and ecological adaptations tightly linked to their hosts, with life cycles synchronized to avian phenology. While some species are highly host-specific, others parasitize multiple hosts, potentially facilitating the circulation of infectious agents among wild and domestic avian and non-avian species.

Several Hippoboscidae species are involved in the transmission of avian parasites such as Haemosporida and Trypanosoma. Recent European studies have also detected a diversity of parasites, bacteria, and viruses of veterinary and zoonotic concern, including Bartonella, Anaplasma, Rickettsia, and flaviviruses. Bird migration contributes to the dispersal of Hippoboscidae and their associated pathogens, and recent introductions of exotic species into France via migratory birds highlight the risk of pathogen emergence and the restructuring of infectious networks.

This PhD project aims to characterize the taxonomic and genetic diversity, spatio-temporal distribution, and host specificity of avian Hippoboscidae in France. It will further investigate the pathogens, microbiota, and endosymbionts they harbor in order to assess their eco-epidemiological role in infectious agent circulation and evaluate their potential as indicators of avian health.

The research will be structured around three complementary axes:
Year 1 - Biological and ecological diversity of Hippoboscidae
A nationwide survey combining integrative morphological and molecular analyses, host–ectoparasite network structure, spatio-temporal distribution, and the influence of migratory dynamics.
Year 2 - Pathogens and microbiota of Hippoboscidae
Characterization of pathogens (parasites, bacteria, viruses), estimation of prevalence, and analysis of microbial associations across Hippoboscidae and bird species. Characterization of associated microbiota and endosymbionts, and evaluation of their role in modulating pathogen transmission dynamics and avian health.
Year 3 - Eco-epidemiological integration: towards sentinel use for avian health
An integrative analysis to evaluate the role of Hippoboscidae in infectious agent circulation and assess their relevance as indicators of health in resident and migratory bird populations.

The project builds upon the national citizen science program PUPIPO, which has already assembled several thousand Hippoboscidae specimens accompanied by detailed metadata (host identity, geolocation, date, season). This resource ensures the feasibility of the project, enables robust spatio-temporal analyses, and will contribute to national collections and open-access databases (genetic sequences, biodiversity data).

By integrating field sampling, morphological and molecular approaches, metabarcoding, and high-throughput xenomonitoring, this interdisciplinary PhD will bridge parasitology, disease ecology, and biodiversity conservation within a One Health framework. It will provide a comprehensive assessment of the eco-epidemiological role of avian Hippoboscidae and test their capacity to reflect the health status of resident and migratory bird populations, while contributing to the development of innovative tools for biodiversity monitoring and early detection of emerging health risks.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral

Muséum national d'Histoire naturelle

227 DIVONA (Diversités, Origines, Natures)

Formation solide en taxonomie intégrative, imagerie, biologie moléculaire (PCR, séquençage), approches métagénomiques ou métabarcoding. Connaissances approfondies en écologie des maladies, avec un intérêt pour les interactions hôte-vecteur-pathogène et la parasitologie. Compétences en analyses bioinformatiques (traitement d'amplicons, diversité microbienne). Une expérience en analyses statistiques sous R et en structuration de réseaux écologiques sera appréciée. Bonnes capacités d'organisation, d'autonomie et de communication
Strong background in integrative taxonomy, imaging, molecular biology (PCR, sequencing), and metagenomic or metabarcoding approaches. In-depth knowledge of disease ecology, with a focus on host–vector–pathogen interactions and parasitology. Skills in bioinformatic analyses (amplicon processing, microbial diversity). Experience in statistical analyses using R and in the construction of ecological networks is desirable. Excellent organizational, autonomous, and communication skills.