DERMABIOME – Deciphering the Skin Microbiome in iatrogenic skin inflammation (ISI): From Biologics to Immunotherapies

Objectifs:

Une approche multidisciplinaire combinera métagénomique pan-microbienne, et analyses environnementales, pour :

• Identifier des biomarqueurs microbiens prédictifs des ICI, par l’analyse cutanée, ORL, et de selles, stratifiée selon :
  • Le cntexte thérapeutique (bithérapies vs. immunothérapies).
  • Le type de manifestatin (psriasiforme, eczéma, éruption).
• Intégrer des données de pollution atmosphérique (PM2.5/PM10/NO₂) de BourgogneFranche-Comté pour étudier comment les stresseurs environnementaux modulent la composition du microbiote et la survenue des ICI.
• Créer une biobanque translationnelle de souches cultivables, à caractériser ensuite par des tests ex vivo pour leur potentiel probiotique ou antimicrobien.

Méthodes :

Critère de jugement principal : Détecter une différence de composition (composition taxonomique, abondance relative, diversités, LEfSe- analyse linéaire discriminante) du microbiote cutané entre les patients qui vont développer un ICI (histologie à l’appui), et ceux ne vont pas en développer.

DERMABIOME utilise une approche de séquençage non-supervisé et analyse métagénomique pan-microbienne (bactéries, virus, champignons). Les prélèvements longitudinaux permettront d’identifier les inter-connexions entre dysbiose (cutanée), infections intercurrentes (ORL et digestives), et pollution atmosphérique qui peuvent influer sur le développement d’une inflammation cutanée, ouvrant la voie à des interventions thérapeutiques centrées sur la modification de colonisation microbiologique de la peau :

• Prélèvement de microbiote cutané: écouvillon humidifié puis frotté/passé sur la peau, 50 passages; puis congélation à 80°C. Prélèvement de microbiote respiratoire: écouvillon rhinopharyngé et intrabuccal au sillon gingivo-labial [IGS1.1] puis congélation à -80°C. Des écouvillons supplémentaires sont prévus pour congélation dans un milieu glycérolé permettant un mise en culture secondaire27. Prélèvement de selles congelé pour analyse ultérieure.
• Extraction d’ADN après lyse; kit NucleoSpin Dx virus de Macherey Nagel. Préparation de librairie, protocole développé par l’équipe MAGLAB de l’UMR U1311 DYNAMICURE, avec le kit NEBNext Ultra II, et RNA Library Prep Kit for Illumina.
• Séquençage non supervisé; kit illumina, 600 cycles, reads 300pb en pairedend. Permet un maximum de reads théoriques de 50 millions, pour les échantillons cutanés avec faible biomasse, il est attendu une moyenne de 500000. Un pipeline bioinformatique assemblé par le groupe de Caen permet les contaminants humains et de classifier les reads microbiens jusqu’au niveau de l’espèce.
• Alignement taxonomique par Kraken et Bracken, puis analyses biostatistique sur R (packages Phyloseq, microeco, Decontam).

Impact attendu :

• Scientifique : Révéler des liens entre pollution, dysbiose microbienne et inflammation cutanée
• Clinique : Permettre un évitement ou une prédiction précoce des ICI, réduisant les interruptions de traitement (essentiel pour les patients en oncologie ou maladies autoimmunes).
• Translationnel : Fournir des souches microbiennes  pour développement de probiotiques, bactériothérapie, et des données actionnables pour la santé publique (ex. : alertes pollution).

Université Marie et Louis Pasteur

Laboratoire d'accueil : RIGHT

- connaissances et compétences requises

Le candidat ou la candidate devra avoir des connaissances en biologie mais surtout une grande capacité à analyser des données complexes et de grandes dimensions, en particulier des données de séquençage de microbiote cutané. De plus, il ou elle devra avoir une bonne capacité à s’intégrer dans une équipe de recherche existante, et une autonomie importante, une bonne capacité à prendre des initiatives. Le contact avec des patients sera régulier, y compris des patients en situation de grande détresse due à une maladie grave, de bonnes compétences sociales seront essentielles.