Processus évolutifs aux premiers stades de vie chez le chêne et le pin : le rôle de la diversité génétique // Evolutionary processes at early life stages in oak and pine: the role of genetic diversity

Forest regeneration is a key evolutionary stage during which genetically diverse cohorts of seedlings experience strong mortality and selection driven by microenvironmental conditions and forest management. This PhD project aims to improve our understanding of how demographic and evolutionary processes, including genetic drift, natural selection, and parental contributions, shape genetic diversity and adaptive potential at early life stages in oak and pine. By combining genetic analyses of naturally regenerating forests under contrasted forest management and regeneration common garden experiments, the project will identify loci under microenvironmental selection and quantify the drivers of genetic diversity across successive seedling cohorts. A particular focus will be placed on the role of genetic mixtures (provenances within species) and assisted gene flow in enhancing forest resilience, productivity, and long-term adaptation. Results will be compared with range-wide patterns of genetic variation to assess their contribution to maintaining adaptive potential under climate change. The project will contribute to next-generation strategies for forest restoration and management, providing guidelines for the use of genetic mixtures and long-term experimental resources.
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La régénération forestière constitue une étape évolutive clé au cours de laquelle des cohortes de semis génétiquement diversifiées subissent une forte mortalité et une sélection intense, sous l'effet des conditions microenvironnementales et de la gestion forestière. Ce projet de doctorat vise à améliorer notre compréhension de la manière dont les processus démographiques et évolutifs, notamment la dérive génétique, la sélection naturelle et les contributions parentales, façonnent la diversité génétique et le potentiel adaptatif aux premiers stades de vie chez le chêne et le pin. En combinant des analyses génétiques de forêts en régénération naturelle sous des modes de gestion contrastés et des expérimentations en jardins communs de régénération, le projet identifiera des loci soumis à une sélection microenvironnementale et quantifiera les facteurs déterminant la diversité génétique au fil de cohortes successives de semis. Une attention particulière sera portée au rôle des mélanges génétiques (provenances au sein des espèces) et du flux génique assisté dans le renforcement de la résilience, de la productivité et de l'adaptation à long terme des forêts. Les résultats seront comparés aux patrons de variation génétique à l'échelle de l'aire de répartition afin d'évaluer leur contribution au maintien du potentiel adaptatif face au changement climatique. Le projet contribuera au développement de stratégies de nouvelle génération pour la restauration et la gestion forestières, en fournissant des recommandations pour l'utilisation de mélanges génétiques et de dispositifs expérimentaux de long terme.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Contrat doctoral Université de Bordeaux au mérite

Université de Bordeaux

304 Sciences et environnements

Le candidat idéal pour ce doctorat devra avoir une formation en écologie, biologie évolutive ou génétique forestière, avec une expérience pratique du travail sur le terrain. Des compétences en génétique moléculaire, y compris l'extraction d'ADN, le génotypage et le séquençage, ainsi qu'une familiarité avec les analyses bioinformatiques et les approches de génomique des populations, sont souhaitables. Une expérience en conception expérimentale, en jardins communs ou expérimentations contrôlées, et en modélisation statistique est également pertinente. Le candidat doit être à l'aise avec la gestion de grands jeux de données, la réalisation d'analyses génétiques et l'intégration de données de terrain et génomiques. Des compétences organisationnelles solides, une autonomie dans la conduite de travaux sur plusieurs sites et la capacité à collaborer efficacement avec des équipes nationales et internationales sont essentielles. Un intérêt marqué pour la régénération forestière, la variation génétique adaptative et la conservation appliquée constituera un atout, de même qu'une bonne maîtrise de l'anglais, à l'écrit comme à l'oral.
The ideal PhD candidate should have a background in ecology, evolutionary biology, or forest genetics, with practical experience in fieldwork. Skills in molecular genetics, including DNA extraction, genotyping, and sequencing, as well as familiarity with bioinformatic analyses and population genomic approaches, are desirable. Experience with experimental design, common garden or controlled experiments, and statistical modelling is relevant. The candidate should be comfortable handling large datasets, performing genetic analyses, and integrating field and genomic data. Strong organisational skills, autonomy in conducting multi-site fieldwork, and the ability to collaborate effectively with national and international teams are essential. A genuine interest in forest regeneration, adaptive genetic variation, and applied conservation will be an asset, as well as knowledge of English language (both written and spoken).