Résolution des impasses diagnostiques dans les troubles du neurodéveloppement par une approche intégrée combinant réanalyse de données génomiques, analyses transcriptomiques et validation fonctionnelle de variants. // Increasing diagnostic yield in neurod

Malgré le développement du séquençage à haut débit, 40 à 60 % des patients présentant un trouble du neurodéveloppement (TND) demeurent sans diagnostic moléculaire après une analyse d'exome ou de génome. Ce projet de thèse propose une approche intégrée visant à lever ces impasses diagnostiques par la combinaison de réanalyses génomiques systématiques, d'analyses transcriptomiques (RNA-Seq) et de validations fonctionnelles. La réanalyse portera sur une cohorte de plus de 300 patients suivis au CHU de Tours, tandis que l'analyse primaire des données de RNA-Seq permettra d'identifier des anomalies d'expression ou d'épissage non détectées par l'analyse génomique seule. Les gènes candidats identifiés seront validés par des études fonctionnelles de neurogénomique avec un focus particulier sur le gène SEMA6D récemment identifié comme un nouveau gène candidat dans les TND.
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Despite the widespread implementation of high-throughput sequencing, 40–60% of patients with a neurodevelopmental disorder (NDD) remain without a molecular diagnosis after exome or genome analysis. This PhD project proposes an integrated approach to overcome these diagnostic challenges by combining systematic genomic reanalysis, transcriptomic analyses (RNA-Sequencing), and functional validation studies. The reanalysis of genomes and exomes data will be conducted on a cohort of over 300 patients with negative initial results, followed in the genetics department at the University Hospital of Tours. In parallel, primary RNA-Sequencing analysis will enable the identification of expression or splicing abnormalities which were not detected by genome sequencing. The candidate genes identified though these approaches will be validated through functional neurogenomic studies, with a particular focus on SEMA6D, recently identified as a novel candidate gene in neurodevelopmental disorders.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Financement d'une collectivité locale ou territoriale

Université de Tours

549 Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV

- Titulaire d'un Master 2 - Avoir des connaissances théoriques en biologie cellulaire et moléculaire, en génétique humaine (mode de transmission des maladies génétiques, bases moléculaires des maladies génétiques, techniques d'exploration du génome) - Des connaissances en bio informatiques (interprétation des données de séquençage haut débit d'exomes, de RNA-seq, connaissances des bases de données en génétique humaine, des logiciels de prédiction et des techniques OMIQUES) seraient un atout - Avoir une première expérience des techniques de base en biologie moléculaire et cellulaire (extraction d'ADN, ARN, PCR, séquençage, RT-PCR, qPCR, culture cellulaire, transfection, western-blot, IF, clonage…) Le candidat devra avoir une forte motivation pour faire une thèse, de bonnes capacités d'analyse, rédactionnelles (anglais, français) et de communication et montrer une grande rigueur scientifique et technique.
Holder of a Master's degree (MSc or equivalent), with a solid theoretical background in cell and molecular biology and human genetics, including inheritance patterns of genetic diseases, their molecular mechanisms, and genome analysis techniques. Knowledge of bioinformatics—particularly in the analysis and interpretation of high-throughput sequencing data (e.g., exome or RNA-seq), familiarity with human genetics databases, predictive tools, and OMICS approaches—would be considered an asset. Hands-on experience with fundamental molecular and cellular biology techniques is required, including DNA/RNA extraction, PCR, sequencing, RT-PCR, qPCR, cloning, cell culture, transfection, Western blotting, and immunofluorescence. The candidate should demonstrate strong motivation to pursue a PhD, excellent analytical abilities, strong writing skills in both English and French, effective communication skills, and a high level of scientific and technical rigor.