Substrats enzymatiques Innovants pour la caractérisation environementale de D-peptidases (Sanitise) // INNOVATIVE ENZYMATIC SUBSTRATES FOR CHARACTERIZING ENVIRONMENTAL D-PEPTIDASES. (SANITISE)

Des études récentes montrent que les D-peptidases, des enzymes spécialisées dans la dégradation de peptides contenant des D-aminoacides, menacent l'efficacité d'antibiotiques lipopeptidiques tels la polymyxin B, la daptomycine et plus largement des antibiotiques peptidiques contenant des D-aminoacides. Etudier ce type d'enzyme est important, car il constitue un nouveau mécanisme
d'antibiorésistance.
Ces enzymes, produites par des bactéries pour réguler la concentration des antibiotiques qu'elles synthétisent, ont été identifiées par criblage in-silico de génomes bactériens sans que leur importance environnementale n'ait été étudiée. Ce projet de thèse vise à développer une banque de substrats innovants permettant de détecter, marquer ces D-peptidases par une étiquette fluorescente pour les
isoler dans des échantillons environnementaux. Leur identification pourrait aussi révéler de nouveaux composés antibiotiques renforçant ainsi les thérapies existantes menacées par l'antibiorésistance.
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Recent studies show that D-peptidases, enzymes specialized in the degradation of peptides containing D-amino acids, threaten the efficacy of lipopeptide antibiotics such as polymyxin B, daptomycin and, more generally, peptide antibiotics containing D-amino acids.
Studying this type of enzyme is important, as it represents a new mechanism of antibiotic resistance.
These enzymes, produced by bacteria to regulate the concentration of the antibiotics they synthesize, have been identified by in-silico screening of bacterial genomes, but their environmental importance has not been studied. The aim of this thesis project is to develop an innovative substrate library that will enable these D-peptidases to be detected, tagged with a fluorescent label and isolated from
environmental samples. Their identification could also reveal new antibiotic compounds to reinforce existing therapies threatened by antibiotic resistance.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Financement d'une collectivité locale ou territoriale

Université de Perpignan Via Domitia

305 Energie et Environnement

Le/la candidat(e) titulaire d'un master 2 ou d'un diplôme d'ingénieur chimiste possèdera une forte expérience en synthèse organique qui pourra être complétée par des connaissances en synthèse peptidique. Le candidat maîtrisera les techniques usuelles de purification et d'analyse (RMN, LC/MS). Le développement du projet nécessitera un investissement particulier en chimie analytique pour le suivi et l'interprétation des réactions de marquage enzymatique.
The candidate will have a Master degree, and strong experience in organic synthesis, complemented by knowledge of peptide synthesis. The candidate will be proficient in the usual purification and analysis techniques (NMR, LC/MS). The development of the project will require a particular investment in analytical chemistry for the monitoring and interpretation of enzymatic labeling reactions.