Validation fonctionnelle et agronomique de Gènes Impliqués dans le Rendement et la croissance du fruit chez la Tomate // Functional and Agronomic Validation of Genes Involved in Tomato Yield and Fruit Growth

Chez la tomate, le rendement correspond au poids de fruits produit par la plante, et dépend des caractéristiques végétatives, qui sont essentielles à la physiologie de la plante, et reproductives, qui vont déterminer le nombre de fruit et leurs caractéristiques. La recherche de nouvelles variétés de tomate présentant un rendement élevé et un maintien du rendement en conditions de cultures défavorables est indispensable face aux enjeux actuels et aux besoins croissants en plantes mieux adaptées au changement climatique. En complément des approches utilisant la variabilité naturelle des espèces sauvages apparentées à la tomate, nous avons exploité la variabilité induite présente dans une population de mutants EMS et avons identifié deux mutants de rendement associé à une altération de la taille des fruits. Une cartographie par séquençage, associée à une cartographie génétique nous a permis d'identifier trois allèles mutés (allèles y+ et y-) et les gènes candidats associés. Un de ces gènes code pour une protéine connue pour son rôle dans l'épissage alternatif chez les animaux. Notre hypothèse est que ces gènes candidats sont impliqués dans les processus de régulation de la croissance du fruit, et que les allèles y+, permettent une augmentation de la taille du fruit et du rendement, tandis que l'allèle y- limite la taille du fruit et le rendement en rendant la taille des fruits plus homogène sur les grappes. Ce sujet de thèse se propose donc de comprendre l'impact de ces allèles et de valider leur potentiel agronomique.

Une première partie de la thèse consistera à déterminer l'effet des allèles sur la croissance du fruit et le rendement dans la variété de tomate Micro-Tom. La seconde partie de la thèse portera sur l'évaluation de la stabilité des phénotypes en fonction du génotype ou des conditions de culture. La troisième partie de la thèse se focalisera sur la compréhension du rôle des gènes candidats dans la croissance du fruit et le rendement. Elle portera plus particulièrement sur le rôle du splicing alternatif dans la croissance du fruit et le rendement.
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Tomato yield corresponds to the weight of fruit produced by the plant, and depends on vegetative characteristics, which are essential to the global physiology of the plant, and reproductive characteristics, which will determine the number of fruits and their features. The search for new tomato varieties with high yields, that can be maintained under unfavourable growing conditions, is essential in the face of current challenges and growing needs for plants that are better adapted to climate change. Complementary to approaches using the natural variability of wild tomato relatives, we have exploited the induced variability present in a population of EMS mutants and identified two high-yield mutants associated with an increase in fruit size. Mapping by sequencing combined with genetic mapping enabled us to identify the mutated alleles (y+ and y- alleles) and the associated candidate genes. One of these genes codes for a protein known for its role in alternative splicing in animals. Our hypothesis is that these candidate genes are involved in the processes that regulate fruit growth, and that the y+ alleles lead to an increase in fruit size and yield, while the y- allele limits fruit size and yield by making fruit size more uniform on the clusters. The aim of this thesis is therefore to understand the impact of these alleles and to characterize their agronomic potential.

The first part of the thesis will determine the effect of the yield alleles on fruit growth and yield in Micro-Tom tomato variety. The second part of the thesis will assess the stability of the yield phenotype as a function of genotype or growing conditions. The third part of the thesis will focus on understanding the role of candidate genes in fruit growth and yield. It will focus more specifically on the role of alternative splicing in fruit growth and yield.
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Début de la thèse : 01/11/2026

Contrat doctoral libre

Université de Bordeaux

154 Sciences de la Vie et de la Santé

Une solide formation en physiologie cellulaire et biologie moléculaire est souhaitée. De bonnes connaissances en biologie du développement des plantes et un goût pour les analyses en microscopie et génétique moléculaire sont un atout important.
A strong background in cell physiology and molecular biology is desired. Good knowledge of developmental biology of plants and interest for microscopic and molecular genetics are important assets