Les exosomes, médiateurs de la réponse immunitaire aux bactéries AIEC associées à la maladie de Crohn : de la compréhension mécanistique au développement de stratégies diagnostiques/thérapeutiques. // Exosomes as mediators of the immune response to AIEC b

La maladie de Crohn (MC) est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin incurable à ce jour. L'étiologie de la MC fait intervenir des facteurs environnementaux, génétiques et microbiens. Notre équipe a été la première à décrire le rôle des E. coli adhérents et invasifs (AIEC) dans l'étiologie de la MC. Nous avons montré que la présence des AIEC dans les pièces opératoires iléales est corrélée à une récidive postopératoire plus élevée et que les AIEC sont préférentiellement présents dans les lésions iléales précoces, indiquant leur rôle causal dans la MC. Cependant, il reste à étudier comment les AIEC contribuent à l'initiation de la MC, et comment les cibler à des fins thérapeutiques.

Nos hypothèses novatrices sont les suivantes : 1) la colonisation iléale par les AIEC pourrait induire une réponse immunitaire dérégulée via les exosomes circulants (vésicules extracellulaires sécrétées par tous les types de cellules et permettant le dialogue intercellulaire), et 2) les exosomes pourraient être utilisés comme un outil de diagnostic non invasif et comme des modulateurs immunitaires pour lutter contre les AIEC.
Nous proposons : 1) d'analyser la composition des exosomes provenant du sérum et d'organoïdes intestinales de patients porteurs ou non d'AIEC pour établir une signature pour la colonisation des AIEC et d'identifier des médiateurs candidats impliqués dans la dérégulation immunitaire, 2) d'élucider les facteurs de virulence des AIEC qui influencent la sécrétion et composition des exosomes, 3) d'analyser l'impact fonctionnel des exosomes circulants de patients porteurs d'AIEC sur les cellules dendritiques, les cellules T, les macrophages, et 4) d'utiliser les exosomes comme modulateurs immunitaires pour lutter contre les AIEC.

Ce projet permettra d'explorer les mécanismes sous-jacents le rôle causal des AIEC dans la MC, d'établir un outil diagnostique non invasif pour prédire la colonisation des AIEC et de proposer des interventions thérapeutiques au stade précoce de la maladie.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Crohn's disease (CD) is a chronic inflammatory bowel disease that remains incurable. Its etiology involves environmental, genetic, and microbial factors. Our team was the first to describe the role of adherent-invasive E. coli (AIEC) in the pathogenesis of CD. We demonstrated that the presence of AIEC in ileal surgical specimens correlates with a higher rate of postoperative recurrence and that AIEC are preferentially present in early ileal lesions, suggesting a causal role in CD. However, how AIEC contribute to the initiation of CD and how they can be targeted therapeutically remain to be elucidated.

Our innovative hypotheses are: 1) ileal colonization by AIEC may induce a dysregulated immune response via circulating exosomes (extracellular vesicles secreted by all cell types that mediate intercellular communication), and 2) exosomes could be used as a non-invasive diagnostic tool and as immune modulators to combat AIEC.

We propose: 1) to analyze the composition of exosomes derived from serum and intestinal organoids of patients with or without AIEC to establish a signature of AIEC colonization and identify candidate mediators involved in immune dysregulation, 2) to elucidate the virulence factors of AIEC that influence exosome secretion and composition, 3) to analyze the functional impact of circulating exosomes from AIEC-positive patients on dendritic cells, T cells, and macrophages, and 4) to explore the use of exosomes as immune modulators to target AIEC.

This project will provide insights into the mechanisms underlying the causal role of AIEC in CD, establish a non-invasive diagnostic tool to predict AIEC colonization, and propose therapeutic interventions at the early stage of the disease.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/2026

Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral

Université Clermont Auvergne

65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement

Le candidat devra être titulaire d'un Master (ou équivalent) en biologie, microbiologie, immunologie ou biologie cellulaire et moléculaire. Des connaissances en microbiologie, interactions hôte-pathogène ou immunologie seront appréciées. Une expérience pratique en techniques de biologie moléculaire et cellulaire (culture cellulaire, qRT-PCR, Western blot, ELISA) sera un atout. Une expérience en microbiologie ou en modèles d'infection serait également appréciée. Une formation en expérimentation animale (niveau 1 ou 2) serait un atout. Le candidat devra faire preuve de rigueur scientifique, d'autonomie, d'esprit d'initiative et de bonnes capacités d'analyse. De bonnes compétences en communication scientifique, ainsi qu'un bon niveau d'anglais écrit et oral, sont également attendus.
The candidate should hold a Master's degree (or equivalent) in biology, microbiology, immunology, or cellular and molecular biology. Knowledge in microbiology, host–pathogen interactions, or immunology will be appreciated. Practical experience in molecular and cellular biology techniques (cell culture, qRT-PCR, Western blot, ELISA) will be an asset. Experience in microbiology or infection models is also desirable. Training in animal experimentation (level 1 or 2) would be an advantage. The candidate should demonstrate scientific rigor, autonomy, initiative, and strong analytical skills. Good scientific communication abilities, as well as a good level of written and spoken English, are also expected. Si vous voulez, je peux aussi produire une version plus concise et percutante