Synthèse de peptides antimicrobiens ultra-courts conçus par intelligence artificielle

La lutte contre l'antibiorésistance observée dans les pathologies bucco-dentaires demeure une préoccupation majeure de santé publique à l'échelle mondiale. Pour répondre à ce défi, la recherche explore de nouvelles stratégies afin de limiter la prolifération de S. mutans, qui joue un rôle central et est également impliqué dans de graves infections extra-orales, telles que certaines maladies cardiaques. Notre projet vise à développer de nouveaux peptides antimicrobiens ultra-courts générés par intelligence artificielle, ainsi que des analogues dotés de fragments fluorescents et/ou polyamines, efficaces contre S. mutans. Des modèles d'apprentissage automatique aideront à optimiser la sélection et la conception de peptides plus performants. La combinaison de tests d'activité et de méthodes d'imagerie fournira des informations précieuses sur leur efficacité antimicrobienne et leurs interactions avec S. mutans. Les résultats de ce projet ouvriront de nouvelles perspectives pour la prévention et le traitement de maladies dentaires graves.

English version:

To fight antibiotic resistance observed in oral and dental pathologies remains a major public health concern worldwide. In response to this challenge, research is exploring new strategies to limit the proliferation of S. mutans which plays a central role and is also involved in serious extra-oral infections such as certain heart diseases. Our project aims to develop novel AI-generated ultra-short antimicrobial peptides and analogues with fluorescent and/or polyamines moieties, effective against S. mutans. Machine learning models will help optimizing the selection and design of more effective peptides. The combination of activity tests with imaging methods will provide valuable insights into their antimicrobial efficiency and interactions with S. mutans. The results of this project will open new perspectives for the prevention and treatment of severe dental diseases.

Our team « Sustainable Organic Synthesis : boron chemistry, catalysis and applications in microfluidic» is part of the Institut of Molecular Science (ISM, UMR5255) located at the Université of Bordeaux. Our research interests are focus on organoboron chemistry (synthesis, and applications), catalysis (nanocatalysis, …) and flow chemistry. We have access to high-level laboratory facilities (NMR, GC-MS, HPLC, TGA/DSC), either available in the group or at the analytical platform (CESAMO) of the Institut of Molecular Science. The Ph.D. candidate will benefit from all common laboratory equipements (fumehood, …) and will have access to computers to ensure the good running of the thesis

Le candidat ou la candidate devra être titulaire d'un master ou d'un diplôme équivalent en chimie avec mention, possédant une solide culture générale et un intérêt marqué pour la chimie organique et la catalyse. Une bonne pratique de la chimie organique et une expérience de la manipulation de composés sous atmosphère inerte sont attendues, tout comme la maîtrise d'un large éventail de techniques modernes de caractérisation (RMN multinoyaux, spectrométrie de masse, chromatographie en phase gazeuse, infrarouge, etc.).

English version: 

The candidate will hold a master degree or any equivalent diploma in chemistry with honours with a general background and a strong interest in organic chemistry and catalysis. The candidate is expected to have a good practice of organic chemistry and experience in handling compounds under an inert atmosphere as well as the application of a spectrum of diverse modern techniques (multinuclear NMR, MS, GC, IR, etc.).