Caractérisation de l'immunité anti-avipoxvirus chez l'Outarde houbara // Characterization of anti-avipoxvirus immunity in the Houbara Bustard

La conservation des espèces menacées repose en partie sur des programmes d'élevage conservatoire et de renforcement des populations sauvages. La captivité expose ces animaux à des risques infectieux spécifiques (densité élevée, contacts interspécifiques, interactions humaines). Les outardes houbara, africaines et asiatiques, font l'objet de tels programmes depuis plus de 30 ans, constituant un modèle pertinent pour étudier les enjeux sanitaires associés à la conservation.
Parmi les agents pathogènes affectant ces populations, les avipoxvirus représentent une menace majeure. Leur circulation est fréquente en élevage, avec une grande diversité de souches appartenant aux clades des fowlpox-like et canarypox-like virus, d'origines variées. Les infections peuvent entraîner des formes cliniques variées, parfois sévères et létales. La prophylaxie repose essentiellement sur la vaccination (utilisant des vaccins canarypox et fowlpox), mais son efficacité reste incertaine en raison des la diversité des virus et du manque d'outils permettant d'évaluer précisément les réponses immunitaires et la protection conférée.
Ce projet de thèse vise à caractériser l'immunité anti-avipoxvirus chez l'outarde houbara afin d'améliorer les stratégies de contrôle. Trois questions principales seront abordées : (i) l'identification de marqueurs génétiques de virulence des avipoxvirus, (ii) le développement d'outils pour évaluer la réponse immunitaire protectrice chez l'hôte, et (iii) l'étude de la protection croisée entre différentes souches virales.
Le programme scientifique s'articule autour de ces trois axes. Le premier consiste à analyser les relations entre génotypes viraux et pathotypes à partir de données d'élevage, incluant le séquençage complet de souches représentatives et l'identification de marqueurs de virulence. Le second axe vise à produire par isolement une banque de virus qui servira ensuite à développer des outils sérologiques, notamment des tests de séroneutralisation. Le troisième axe portera sur l'évaluation de la protection croisée via des essais vaccinaux homologues et hétérologues, combinés à des analyses immunologiques (séroneutralisation, recherche de marqueurs moléculaires tels que cytokines et interféron gamma).
Les résultats attendus incluent la cartographie des déterminants génétiques de virulence, la constitution d'une banque de souches virales, le développement d'outils d'évaluation immunitaire, et une meilleure compréhension des mécanismes de protection croisée. À terme, ces travaux permettront d'optimiser les stratégies vaccinales et de renforcer la gestion sanitaire des élevages d'outardes houbaras, tout en apportant des connaissances transférables à d'autres contextes de conservation et de contrôle des infections par les avipoxvirus.
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The conservation of endangered species partly relies on captive breeding programs and reinforcement of wild populations. However, captivity exposes animals to specific infectious risks, including high population density, interspecific contacts, and increased human interactions. African and Asian houbara bustards have been the focus of such conservation programs for over 30 years, making them a relevant model for investigating health challenges associated with conservation efforts.

Among the pathogens affecting these populations, avipoxviruses represent a major threat. These viruses are commonly circulating in captive breeding facilities, with a high diversity of strains belonging to the fowlpox-like and canarypox-like clades and originating from multiple sources. Infections can result in a wide range of clinical manifestations, including severe and sometimes fatal forms. Current prophylactic strategies rely mainly on vaccination using canarypox- and fowlpox-based vaccines; however, their effectiveness remains uncertain due to viral diversity and the lack of reliable tools to accurately assess immune responses and the level of protection conferred.

This PhD project aims to characterize anti-avipoxvirus immunity in the houbara bustard in order to improve disease control strategies. Three main research questions will be addressed: (i) the identification of genetic markers of virulence in avipoxviruses, (ii) the development of tools to assess protective immune responses in the host, and (iii) the evaluation of cross-protection between different viral strains.

The research program is structured around these three objectives. The first axis focuses on analyzing the relationships between viral genotypes and pathotypes using data from breeding facilities, including whole-genome sequencing of representative strains and identification of virulence markers. The second axis aims to establish a viral strain repository through isolation procedures, which will support the development of serological tools, particularly virus neutralization assays. The third axis will investigate cross-protection through homologous and heterologous vaccination trials, combined with immunological analyses such as seroneutralization and the identification of molecular markers (e.g., cytokines and interferon-gamma).

Expected outcomes include the mapping of genetic determinants of virulence, the establishment of a viral strain bank, the development of immunological assessment tools, and an improved understanding of cross-protective mechanisms. Ultimately, this work will contribute to optimizing vaccination strategies and strengthening health management in captive houbara bustard populations, while providing insights applicable to other conservation contexts and the control of avipoxvirus infections.
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Début de la thèse : 01/10/2026

Associations, fondations, programmes privés étrangers

Institut National Polytechnique de Toulouse

458 SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries

•Les candidats doivent être titulaires d'un master, idéalement en biologie cellulaire, en microbiologie, en virologie ou dans un domaine équivalent. Une expérience de travail en biologie moléculaire ou en immunologie serait un plus. Des compétences en bio-informatique (alignement et analyse de séquence) et en statistique sont fortement souhaitées. •Un enthousiasme pour les maladies infectieuses, la santé animale et le travail en équipe et interdisciplinaire est souhaitable.
• Applicants must hold a Master's degree, preferably in cell biology, microbiology, virology, or a related field. Experience in molecular biology or immunology would be an asset. Skills in bioinformatics (sequence alignment and analysis) and statistics are strongly desirable. • A strong interest in infectious diseases, animal health, and collaborative, interdisciplinary work is expected.