ISITE - Mécanismes écologique et moléculaire de communautés microbiennes produisant des biomolécules présentant une activité anti-Listeria monocytogenes augmentée // ISITE : Ecological and molecular mechanisms of microbial communities producing biomolecul

L'ingénierie de microbiomes est un domaine prometteur avec des applications dans de nombreux secteurs tels que l'environnement, l'agriculture, l'industrie agroalimentaire et la santé humaine. L'ingénierie de microbiomes consiste à concevoir et à manipuler des communautés microbiennes pour leur conférer une fonction souhaitée. Cette démarche s'appuie sur les propriétés écologiques de ces communautés, issues des interactions entre les micro-organismes, ainsi que leur structure, leur diversité fonctionnelle et leur stabilité. Dans ce projet de doctorat, des communautés microbiennes conçues par ingénierie de microbiomes seront étudiées pour leur capacité à produire des biomolécules antimicrobiennes innovantes. Des communautés disponibles au laboratoire seront décortiquées pour élucider les mécanismes écologiques et moléculaires à l'origine de leur activité antimicrobienne remarquable. Plus précisément, les interactions entre micro-organismes seront analysées afin de comprendre leur contribution au potentiel antimicrobien, tandis que des méthodes de caractérisation moléculaire seront employées pour identifier les molécules impliquées. Le projet mobilisera des approches de phénotypage à haut débit des interactions microbiennes, de microbiologie classique, de génomique et de spectrométrie de masse.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Microbiome engineering is a promising field with applications in the environment, agriculture, the agri-food industry, and human health. It consists of designing and manipulating microbial communities to achieve specific functions or beneficial outcomes. This approach relies on the ecological properties of these communities, including interactions between microorganisms, community structure, functional diversity, and stability. In this PhD project, microbiome engineering will be considered for the production of innovative antimicrobial biomolecules. Microbiome engineering will be used to elucidate the ecological and molecular mechanisms of selected communities, already available in the laboratory, and exhibiting remarkable antimicrobial activities. The consortia will be studied in depth to better understand how microbial interactions contribute to their antimicrobial potential. The project will involve high-throughput phenotyping of microbial interactions, classical microbiological methods, genomics, and mass spectrometry.
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Début de la thèse : 01/10/2026

Plan Investissement d'Avenir (Idex, Labex)

Université de Lorraine

607 SIReNa - SCIENCE ET INGENIERIE DES RESSOURCES NATURELLES

Le candidat doit posséder de solides compétences en microbiologie et en écologie microbienne. Une expérience dans les domaines du criblage à haut débit, du metabarcoding et de l'analyse statistique de données sous R sera très appréciée. Le candidat devra démontrer une forte motivation pour la recherche scientifique, caractérisée par une forte curiosité intellectuelle, une pensée critique et un véritable intérêt pour la compréhension de systèmes biologiques complexes. Le candidat devra faire preuve d'initiative, d'autonomie et de persévérance lorsqu'il abordera des questions de recherche difficiles, et devra démontrer sa forte capacité de travail dans un environnement interdisciplinaire. Un engagement clair à faire progresser les connaissances, à contribuer à des projets de recherche novateurs et à communiquer efficacement les résultats – à la fois oralement et par écrit – sera très apprécié.
The candidate must have a strong background in microbiology, particularly in microbial ecology. Experience in high-throughput screening methods, metabarcoding, and the statistical analysis of large datasets (R) would be an advantage. The candidate should demonstrate a strong motivation for scientific research, characterized by intellectual curiosity, critical thinking, and a genuine interest in understanding complex biological systems. The candidate is expected to show initiative, autonomy, and perseverance when addressing challenging research questions, as well as the ability to work collaboratively in an interdisciplinary environment. A clear commitment to advancing knowledge, contributing to innovative research projects, and communicating results effectively—both orally and in writing—will be highly valued.