Functional Interfaces and Predictive Signatures of Sarbecoviruses: From Intra-Host Evolution to Zoonotic Risks

This PhD project aims to characterize the evolutionary dynamics of sarbecoviruses and their virus-host

interfaces, building on a longitudinal study spanning over a decade in colonies of Rhinolophus

ferrumequinum bats, as well as experimental, omics, and analytical approaches developed for this study.

By combining genomic and phylogenetic analyses, functional studies targeting innate and adaptive

immune responses, and controlled experiments on virus-cell interactions, the PhD candidate will explore

the mechanisms enabling certain sarbecoviruses to cross species barriers and evolve toward zoonotic-

risk phenotypes. The project is designed in direct continuity with work conducted under the EU MuseCoV

and ANR EmerCoV projects, and closely integrated with a postdoctoral contract dedicated to screening

and functional characterization of bat sarbecoviruses. Ultimately, this integrative approach should

identify evolutionary signatures, to investigate their periodicity and virus-host determinants predictive

of interspecies coronavirus transmission risk.

Ce projet de thèse vise à caractériser la dynamique évolutive des Sarbecovirus et les liens avec leurs

interfaces virus–hôte, en s’appuyant sur une étude longitudinale de plus d’une décennie menée dans

des colonies de chauves-souris Rhinolophus ferrumequinum ainsi que sur des approches expérimentales,

omiques et analytiques développées pour cette étude. En combinant analyses génomiques et

phylogénétiques, études fonctionnelles ciblant les réponses immunitaires innées et adaptatives, et

expériences des interactions virus / cellule en conditions contrôlées, le doctorant explorera les

mécanismes permettant à certains Sarbecovirus de franchir les barrières d’espèce et d’évoluer vers des

phénotypes à risque zoonotique. Le projet est conçu en continuité directe avec les travaux menés dans

le cadre des projets EU MuseCoV et ANR EmerCoV et en articulation étroite avec un contrat post-

doctoral consacré au crible et à la caractérisation fonctionnelle de Sarbecovirus de chauves-souris. À

terme, cette approche intégrative doit permettre d’identifier des signatures évolutives, de tester leur

périodicité et de préciser les déterminants virus / hôtes prédictifs du risque de transmission inter-

espèces des coronavirus.

https://coronavirus.fr

WELCOME TO THE UNIVERSITY OF CAEN NORMANDIE

To welcome our students and staff in a fulfilling environment, to prepare enlightened citizens for the challenges of tomorrow, to advance science and to help open up new horizons… that is our ambition!

Choosing the University of Caen Normandie – UNICAEN means benefiting from a high-quality, rich and innovative work and study environment, and being provided with services that suit your needs, with access to sports facilities, cultural events and associative diversity.

UNICAEN is a major player of and a driving force for the development of higher education and research in Normandy. It welcomes more than 32,000 students on several campuses in the Caen conurbation and in the cities of Cherbourg-en-Cotentin, Alençon, Lisieux, Saint-Lô and Vire.
At UNICAEN, you can treat yourself to all of the Normandy region’s perks, such as the coastline, its proximity to the United Kingdom, fast and easy access to Paris and cultural attractions and sporting activities.

The region also has a strong cultural tradition that is illustrated both by major international events (celebrations of the Normandy Landing of the Second World War, international equestrian competitions, the Grande Armada, etc.) and by the diversity of its heritage (Mont Saint Michel – 8th Wonder of the World, the Château de Caen, the Memorial for Peace, impressionist painting, etc.)

More : https://welcome.unicaen.fr/about-us/

NAISSANCE DE L’UNITÉ INSERM DYNAMICURE – UNE RECONNAISSANCE DE L’EXPERTISE NORMANDE SUR LES MALADIES INFECTIEUSES

Du fait de son expertise et de ses recherches sur les pathogènes et les maladies infectieuses, le Groupe de Recherche sur l’Adaptation Microbienne (GRAM 2.0) a obtenu la labellisation Inserm avec création de l’Unité Mixte de Recherche UMR 1311 DYNAMICURE pour « Dynamique Microbienne associée aux Infections Urinaires et Respiratoires ». Cette reconnaissance est le fruit du regroupement de chercheurs hospitalo-universitaires des CHU de Rouen et de Caen et d’enseignants-chercheurs des universités de Caen et Rouen Normandie, et d’un recentrage sur ces deux thématiques, qui représentent un enjeu majeur de santé publique...

Candidate profile - Applicants must hold a Master 2 in virology, biological sciences, or a related discipline, with preferred proven expertise in virology, microbiology, molecular biology, ecology, or biochemistry.

Proficiency in at least one of the following areas is required: 

- Work in BSL-3 or BSL-2+ facilities

- Molecular biology (PCR, RT-qPCR, cloning, mutagenesis, silencing, NGS library prep, etc.) 

- Cell culture (2D lines, explants, organoids) 

- Next-generation sequencing (metatranscriptomics, single-cell RNA sequencing, etc.) 

- Virology (isolation, cultivation, TCID50, transfection) 

- Immunology (serology, ELISA, PBMC isolation/stimulation, sequencing)

- Cell biology / Proteomics (protein production / purification / in cell P-P interaction, western blot, etc.)

Preferred additional skills: viral genomics, NGS/bioinformatics, phylogenetic analysis, and scripting (Bash, R, Python). Excellent English proficiency is required; French skills are an advantage. The role demands strong teamwork, communication, and collaborative spirit.