Adapter les ferments œnologiques au changement climatique : approche par évolution expérimentale appliquée à Oenococcus oeni

Résumé du projet :

Dans un contexte de changement climatique, la fermentation alcoolique des moûts de raisin produit des vins de plus en plus riches en éthanol ce qui entrave le bon déroulement de la fermentation malolactique (FML). Cette seconde fermentation, assurée par les bactéries lactiques, confère souplesse, rondeur et une stabilité microbiologique à la plupart des vins rouges. Oenococcus oeni est la principale bactérie lactique capable d’assurer le déroulement optimal de la FML en vin.  Sa survie et sa fonctionnalité sont néanmoins mises à l’épreuve dans des vins particulièrement difficiles (pH<3,0, éthanol > 15%). Ce projet vise à caractériser les gènes impliqués dans l'acquisition de la tolérance de O. oeni à l'éthanol par une approche d’évolution expérimentale adaptative. L’évolution adaptative consiste à propager une souche dans un environnement de plus en plus enrichi en éthanol afin de sélectionner des populations hautement tolérantes. Ces populations évoluées seront caractérisées au niveau physiologique et génomique. Une analyse du transcriptome et des flux métaboliques en conditions fermentaires permettra de rendre compte des mécanismes moléculaires mis en jeu dans l’acquisition de la tolérance. Ce projet pourra donner l’essor à des ferments de nouvelle génération aptes à assurer la FML dans des matrices modifiées suite au changement climatique tout en apportant des connaissances fondamentales sur les mécanismes moléculaires mis en œuvre.

Le (la) doctorant(e) sera accueilli(e) dans l'UMR Procédés Alimentaires et Microbiologiques(UMR PAM) au sein de l’équipe AFIM dirigée par le Pr A. Rieu. Cette équipe dispose de différents laboratoires équipés sur le campus de l’Université Bourgogne Europe. Dans le cadre de ce projet, le (la) doctorant(e) sera accueilli(e) dans les laboratoires de l'équipe à l’Institut Universitaire de la vigne et du Vin (IUVV, 2 rue Claude Ladrey, Dijon) et encadré.e par Cosette Grandvalet (Institut Agro Dijon) et Chloé Roullier-Gall (UBE).

L'équipe AFIM regroupe une quarantaine de permanents (enseignants chercheurs, chercheurs, ingénieurs, techniciens) et une vingtaine de doctorants et post-doctorants. Les compétentes disciplinaires de cette équipe sont variées et complémentaires : microbiologie, physiologie, fermentation, interactions microbienne, métabolomique, génomique, transcriptomique,.... 

Cette équipe constitue une des trois équipes de l'UMR PAM qui UMR compte 145 personnes dont 111 permanents (enseignants chercheurs, ingénieurs, techniciens) et une trentaine de doctorants. Les thématiques de recherche développées au sein de cette UMR s'inscrivent dans quatre grandes thématiques : (1) Les propriétés physico-chimiques de nouvelles sources alimentaires et de nouveaux ingrédients, (2) Les activités des ferments et des microbiomes aimentaires, (3) Les processus physiques, chimiques et biologiques d'altération des aliments, du vin et des micro-organismes, (4) La maitrise des contaminants et la traçabilité.

Trois plateformes technologiques sont adossées à cette UMR : DImaCell Imagerie Spectroscopie, DIVVA (Developpement Innovation Vigne Vin Aliement) et FROMEX (minifromagerie expérimentale)

La mise en œuvre de ce projet nécessite des compétences techniques et théoriques dans le domaine de la microbiologie ainsi que de bonnes connaissances du métabolisme microbien et de la génétique bactérienne.

Divers collaborations seront mises en place au cours de ce projet en particulier avec le Laboratoire ChronoEnvironnement (Besançon) et l'UMR SayFood (Palaiseau). L’implication dans ce projet requière la capacité à travailler en équipe, une bonne communication, une capacité de synthèse et de rédaction ainsi qu’une parfaite intégrité scientifique.