Caractérisation d’un mutant de Bacillus cereus résistant aux endolysines.

L’équipe SporAlim de l'UMR Sécurité et Qualité des Produits d'Originie Végétale possèdent des laboratoires très bien équipés pour la microbiologie aérobie et anaérobie, un laboratoire pour manipuler des germes pathogènes de classe 2, un laboratoire de biologie moléculaire et de biochimie, ainsi qu’un microscope épifluorescence couplé à un système d’analyse d’images. 

L’UMR SQPOV est classée en zone à régime restrictif (ZRR). Le recrutement est soumis à validation par le SGDSN (Secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale).

Les contractuels accueillis à INRAE, établissement public de recherche, sont soumis à son règlement intérieur notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’ils soient ou non au contact du public, ils ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques

La contamination d’un aliment par Bacillus cereus peut engendrer une altération de ses qualités organoleptiques, de sa durée de conservation ou encore représenter un risque pour sa sécurité sanitaire. Le développement de nouvelles stratégies permettant de détecter ou de contrôler B. cereus constitue donc un enjeu important pour la maîtrise de la chaîne alimentaire. Les endolysines, enzymes produites par les bactériophages et capables de dégrader le peptidoglycane bactérien, constituent des outils prometteurs pour le développement de nouvelles stratégies de détection et de contrôle de B. cereus. Dans le cadre du projet ANR BCLysin, un criblage d’une banque de mutants obtenue par transposition a permis d’identifier plusieurs mutants présentant une résistance accrue aux endolysines. Parmi les gènes identifiés, un gène codant pour une arginyl-ARNt synthétase (ArgS), enzyme impliquée dans le chargement des ARNt avec l’arginine, a été sélectionné pour une caractérisation approfondie. Un mutant propre correspondant, ΔargS, a été construit.

L’objectif de ce stage sera de caractériser le phénotype du mutant ΔargS et de déterminer les mécanismes pouvant expliquer sa résistance aux endolysines. Le stagiaire étudiera notamment les propriétés de surface et certains caractères physiologiques du mutant, tels que l’hydrophobicité, la mobilité, la formation de biofilm et la sensibilité aux antibiotiques. Une attention particulière sera portée à l’étude de la réponse stringente, afin de déterminer si l’altération de l’arginyl-ARNt synthétase entraîne une perturbation de l’homéostasie des acides aminés et une activation de cette réponse. En parallèle, un transcriptome comparatif du mutant et de la souche sauvage à différents stades de croissance est actuellement en cours. Les résultats attendus fin 2026 permettront d’identifier les voies biologiques et les gènes dont l’expression est modifiée chez le mutant et d’orienter les expériences complémentaires. Ces analyses pourront notamment conduire à étudier plus précisément certaines voies métaboliques ou des modifications de la surface bactérienne susceptibles de contribuer à la résistance aux endolysines.

Ce stage permettra ainsi d’aborder une problématique à l’interface entre microbiologie, physiologie bactérienne, biologie moléculaire et caractérisation des interactions entre bactéries et enzymes antimicrobiennes.

Le/la candidat(e) sera étudiant(e) en Master 2 en microbiologie ou d’un diplôme équivalent (école d’ingénieur). Il/elle doit avoir une formation solide en biologie moléculaire, biochimie et génétique microbienne et des bases de bioinformatique.