Caractérisation de la résistance aux bactériophages chez Escherichia coli pathogène aviaire (APEC)

Première université francophone d’Amérique, issue du Séminaire de Québec fondé en 1663, l’Université Laval est l’une des grandes universités d’enseignement et de recherche du Canada. Près de 57 000 étudiants et étudiantes l’ont fréquentée en 2025-2026, dont plus de 6000 étudiantes et étudiants de l’international inscrits en 2024-2025. Elle compte parmi les 25 meilleures universités francophones au monde.

Sa recherche s’appuie sur plus de 470 M$ en fonds de recherche et de création, plus de 300 centres, chaires, instituts et regroupements de recherche, et près de 4 100 membres du personnel enseignant et de recherche, dont 92 chaires de recherche du Canada. Huit centres de recherche en santé lui sont affiliés, répartis dans 11 sites hospitaliers de la région de Québec. Elle est très ouverte à l’international : plus de la moitié de ses publications sont réalisées avec au moins un ou une scientifique de l’international. Elle est aussi reconnue internationalement pour son expertise en recherche nordique et pour ses travaux en développement durable, étant carboneutre depuis 2015. Université Laval : formations, classements…

Son campus de 1,8 km² est situé au cœur de Québec, ville francophone dynamique et reconnue pour sa qualité de vie.

La colibacillose aviaire, causée par les souches d’Escherichia coli pathogènes aviaires (APEC), demeure l’une des principales causes de mortalité, de saisies à l’abattoir et de pertes économiques dans la production avicole. Dans un contexte de réduction de l’usage des antibiotiques, la phagothérapie s’impose comme une avenue prometteuse pour maîtriser ces infections. Son déploiement se heurte toutefois à un obstacle bien documenté : l’émergence rapide de bactéries résistantes aux phages. Comprendre les mécanismes de cette résistance, sa vitesse d’apparition et les coûts qu’elle impose à la bactérie est essentiel pour concevoir des cocktails de phages robustes et durables.

Description du projet

L’étudiant(e) recruté(e) caractérisera la résistance d’isolats d’APEC à un ou plusieurs bactériophages, administrés seuls et sous forme de cocktail. Le projet combinera microbiologie expérimentale et bioinformatique, et comprendra notamment :

• la sélection et l’isolement de mutants résistants à la suite d’expositions à des phages uniques et à des cocktails;
• la caractérisation phénotypique de la résistance (efficacité de plage, courbes de croissance en présence de phages, essais d’adsorption, spectre de sensibilité croisée);
• le séquençage du génome complet des isolats parentaux et résistants, et l’identification des mutations et des systèmes de défense anti-phage en cause (modification des récepteurs de surface, systèmes de restriction-modification, CRISPR-Cas, infection avortée, etc.);
• l’évaluation du coût biologique de la résistance : croissance, formation de biofilm, sensibilité aux antibiotiques et facteurs de virulence;
• la formulation de recommandations quant à la composition de cocktails limitant l’émergence de résistance.

Profil recherché

• License (ou diplôme équivalent) en microbiologie, biologie, biochimie, sciences animales, médecine vétérinaire ou dans une discipline connexe;
• Expérience ou intérêt marqué pour la microbiologie expérimentale (culture bactérienne, techniques stériles; la manipulation de phages est un atout);
• Intérêt pour la bioinformatique et l’analyse de données de séquençage;
• Autonomie, rigueur, curiosité scientifique et aptitude au travail en équipe;
• Maîtrise du français et capacité à lire la littérature scientifique en anglais.