Postdoc with po: Multiomics for deciphering the immune landscape of pediatric tumors / Multiomique pour caractériser l'environnement immunitaire des tumeurs péditatriques

Do you want to evolve within the largest French-speaking research center in North America and participate in the most stimulating research projects? The CHU de Québec-Université Laval Research Center is an organization that offers a stimulating work environment where new ideas, knowledge sharing and surpassing oneself are valued.

Work environment: The work environment is very stimulating. The candidate will work closely with research associates and students in Dr. Santiago's lab. It will also cooperate with the bioinformatics platform (35+ people) which brings together a wide diversity of expertise, and with research teams across Canada. This position offers a great potential of high impact publications.

Conditions of employment:

• Workplace: Research Center of the CHU of Quebec, Laval University,
• Schedule: 35 hours per week (Monday to Friday),
• Start date: as soon as possible,
• Duration: 12 months (with possibility of renewal),
• Remuneration: according to the collective agreement for postdoctoral fellows,
• CHU privileges: discounts at various partners (restaurants, stores, fitness, leisure, hotels, health centers, spa, etc.), if applicable.

Vous avez envie d'évoluer au sein du plus grand centre de recherche francophone en Amérique du Nord et de participer à des projets de recherche des plus stimulants? Le Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval est une organisation qui offre un environnement de travail stimulant où les nouvelles idées, le partage des connaissances et le dépassement de soi sont valorisés.

Environnement de travail : L'environnement de travail est très stimulant. Le candidat travaillera en étroite collaboration avec les associés de recherche et les étudiants du laboratoire du Dr Raoul Santiago. Il coopérera également avec la plateforme de bio-informatique (35+ personnes) qui regroupe une grande diversité d'expertises, et avec des équipes de recherche à travers le Canada. Ces travaux ont un fort potentiel de publications à haut impact.

Conditions d'emploi :

Lieu de travail : Centre de recherche du CHU de Québec, Université Laval,

Horaire : 35 heures par semaine (du lundi au vendredi),

Date de début : dès que possible,

Durée : 12 mois (avec possibilité de renouvellement),

Rémunération : selon la convention collective des stagiaires postdoctoraux,

Privilèges du CHU : réductions chez divers partenaires (restaurants, magasins, fitness, loisirs, hôtels, centres de santé, spa, etc.), si applicable.

Project title: Large-scale immunogenomics analysis for the characterization of immune landscape of pediatric tumors.

Immune checkpoint blockades (ICBs), molecules that restore the immune system’s ability to recognize and eliminate tumor cells, have revolutionized the treatment for some adult cancers. To be efficient, ICBs need the tumor to be primarily infiltrated by immune cells, especially «inflamed» active T-cells. Only a small percentage of pediatric tumors are sensitive to ICBs. We believe that ICBs sensitivity is highly dependent on tumor immune composition and can be anticipated to select the children that are more likely to benefit from ICBs and to promote personalized immunotherapy in pediatric oncology.

This study builds off a well-funded prospective oncogenomic program for pediatric cancers in the province of Quebec. Gene expression profiling on 250+ pediatric solid tumors showed that the tumor immune environment (TiME) is heterogeneous and can be classified in immunogenic or immune depleted environment.

The successful candidate will develop multiomic integration models to interconnect transcriptomics, methylomics, proteomics and single-cell data to provide a functional comprehensive overview of TiME.

This collaborative project involves clinicians and researchers from several centers across Canada and is intended to have clinical and therapeutic impacts.

Responsibilities:

• Develop multiomic integration models and single-cell analysis.
• Create innovative ready-to-use tools for complex multi-layer immuno-oncogenomic analysis.
• Supervise graduate and undergraduate students working in the project.
• Preparation of manuscripts and conference presentations at national and international meetings.

Titre du projet : Analyse immuno-génomique de grande échelle pour la caractérisation du paysage immunitaire des tumeurs pédiatriques.

Les inhibiteurs de points de contrôle immunitaire (IPCIs), molécules qui restaurent la capacité du système immunitaire à reconnaître et à éliminer les cellules tumorales, ont révolutionné le traitement de certains cancers chez l'adulte. Pour être efficaces, les IPCIs nécessitent que la tumeur soit infiltrée par des cellules immunitaires, en particulier des cellules T activés. Seul un petit pourcentage de tumeurs pédiatriques est sensible aux IPCIs. L’étude de l’environnement immunitaire permettrait de reconnaitre les enfants les plus susceptibles de bénéficier des IPCIs pour proposer de l'immunothérapie personnalisée.

Cette étude s'appuie sur le programme provincial prospectif d'onco-génomique pour les cancers de l’enfant. Le profil d'expression génique de plus de 250 tumeurs solides pédiatriques effectuée dans le laboratoire a montré que l'environnement immunitaire de la tumeur (TiME) est hétérogène et peut être classifié en environnement immunogène ou, à l’inverse, déplété en celllules immunitaires.

Le/la candidat(e) retenu développera des modèles d’intégration multiomiques pour combiner les données de transcriptomiques, méthylomiques, protéomiques et séquençage en cellule unique (single-cell) afin de fournir une vision fonctionnelle et une approche mécanistique de l'environnement immunitaire tumoral.

Ce projet collaboratif implique des cliniciens et des chercheurs de plusieurs centres à travers le Canada et devrait avoir des impacts cliniques et thérapeutiques.

Responsabilités :

• Développer des modèles d'intégration multiomiques et d'analyse unicellulaire.
• Mettre au point des outils innovants pour l'analyse multi-couche complexe d’immuno-oncologie.
• Superviser les étudiants de premiers et deuxièmes cycles qui travaillent dans le cadre du projet.
• Préparer des manuscrits et présenter les résultats lors de conférences nationales et internationales.

Qualifications:

• Qualified applicants for this position should have a PhD degree in Computer Science, Biomedical Engineering, Bioinformatics or a related discipline.
• Highly motivated candidate with strong experience in computational science, multiomics integration and machine learning.
• Strong background in molecular biology, knowledges in immuno-oncology is an asset.
• Self-motivated with good personal productivity.
• Excellent oral and written communication skills in English are essential.
• Experience with programming (e.g. MATLAB, Python) would be an asset.

Qualifications :

• Les candidats qualifiés pour ce poste doivent être titulaires d'un doctorat en informatique, en génie biomédical, en bioinformatique ou dans une discipline connexe.
• Candidat(e) très motivé(e) possédant une solide expérience en bio-informatique, intégration multiomique et apprentissage automatique.
• Solides connaissances en biologie moléculaire, des connaissances en immuno-oncologie sont un atout.
• Motivé(e) et très productif(ve).
• D'excellentes compétences en communication orale et écrite en anglais sont essentielles.
• Expérience en programmation informatique (exemple MATLAB, Python) serait un atout.