Offre de thèse - Impact de l’agriculture biologique et des pesticides sur le parasitisme et les zoonoses des oiseaux spécialistes du milieu agricole

Le plan Ecophyto (I puis II) a été lancé en 2008 en réponse à la directive Européenne (2009/128) afin de réduire massivement l’utilisation des pesticides en agriculture. La réglementation et les interdictions autour de différentes molécules suscitent toujours un certain nombre de controverses quant à leurs effets sur l’animal ainsi que sur l’Homme. Globalement, l’approche qui a été favorisée jusqu’à présent vise à estimer l’impact des pesticides via la perte de biodiversité en milieu naturel sans en comprendre les mécanismes sous-jacents ni les conséquences évolutives à long terme.

Le projet de thèse soumis ici est original pour plusieurs raisons :
i) Il est basé sur une approche in natura
ii) Il implique des espèces sauvages qui ne sont jamais utilisées pour les tests classiques
iii) Il intègre la diversité des molécules de pesticides auxquelles les organismes sont confrontés
iv) Il se base sur des fonctions physiologiques majeures pour l’organisme à savoir son système immunitaire
v) Il intègre pour la première fois une nouvelle composante de l’écosystème avec les parasites et les zoonoses portés par les oiseaux et qui peuvent se propager à l’homme

Objectifs : Ce projet vise donc à analyser l’effet de l’agriculture conventionnelle et des pesticides sur les relations hôte-parasite/zoonose chez les passereaux du milieu rural en liens avec leur système immunitaire, afin de savoir si la présence des pesticides est susceptible de modifier la structure des relations entre les parasites et leurs hôtes. Nous analyserons également les conséquences de ces modifications sur la physiologie des individus et plus largement sur leur santé.

Hypothèses et prédictions : Nous supposons que les interactions hôte-parasite peuvent être modifiées par les pesticides en modifiant à la fois l'occurrence et l'abondance des espèces qui permettent la propagation et la transmission du parasite (c'est-à-dire l'espèce vectrice), et par des changements dans l'état corporel et l'efficacité du système immunitaire de l'hôte. Nous nous attendons à ce que les effets de la présence des pesticides dans les parcelles agricoles soient modulées en fonction du type de parasite (ectoparasite versus endoparasite). Premièrement, les pesticides peuvent impacter directement les parasites en phase libre (larves de tiques, mallophages à la surface des plumes) en les tuants ce qui conduira à une baisse du nombre d’ectoparasites présents dans l’environnement des hôtes, réduisant ainsi le coût du parasitisme.
Alternativement, si les pesticides peuvent perturber le fonctionnement du système immunitaire des hôtes, une hausse du nombre d’endoparasites (parasites sanguins, coccidies, cestodes) et des zoonoses comme les Cryptosporidum sp. et l’intensité en Borelia sp. pourrait être attendue chez les oiseaux évoluant en agriculture conventionnelle. Nos premiers résultats chez les passereaux semblent indiquer une variation du taux de parasitisme en lien avec le type d’agriculture dans le sens de ces prédictions.

Programme de travail du doctorant / de la doctorante :

• Bibliographie
• Analyses statistiques
• Capture des passereaux pendant la saison de reproduction sur la zone atelier
• Analyse de la parasitémie et de la prévalence des zoonoses par des méthodes moléculaires
• Valorisation des données (articles, congrès, vulgarisation scientifique, etc.)
• Formations obligatoires et volontaires (notamment Expérimentation Faune Sauvage, ExpeFS)

L’étudiant.e pourra participer également à différentes actions collectives menées à la fois au sein de l’équipe et du laboratoire (fête de la science par exemple). De même, en fonction du souhait de l’étudiant.e, la réalisation d’enseignements au sein du département de Biologie sera aussi possible.

La première année de la thèse sera dévolue à définir le cadre de la thèse, se familiariser avec la bibliographie et commencer l’analyse des premières données déjà acquises dans le cadre des suivis antérieurs, en vue de l’écriture d’un premier article. L’étudiant.e devra également préparer sa première année de terrain qui se déroulera de mars à juillet sur la zone atelier. Un point sera donc réalisé au mois d’août en vue du premier comité de thèse afin de définir l’orientation de la seconde année.

Le co-encadrement sera réalisé avec Jérôme Moreau (PR, La Rochelle Université) et Karine Monceau (MCf, La Rochelle Université) rattaché au CEBC (Centre d'études biologiques de Chizé - UMR CNRS 7372) dans l’équipe Résilience. Le projet implique également :
- Maurice Millet (PR, université de Strasbourg) rattaché au laboratoire UMR CNRS-UNISTRA
7515 ICPEES
- Loïc Favennec (PU-PH CHU Université de Rouen et Reims) rattaché au laboratoire ESCAPE,
EA 7510
- Olivier Duron (DR CNRS) rattaché au laboratoire MIVEGEC, UMR CNRS- 5590, IRD-224

Contrat doctoral de 36 mois à compter du 1er octobre 2025. 

Vous êtes inscrits à l'Ecole Doctorale de La Rochelle Université pendant votre contrat et bénéficiez de la formation doctorale proposée.

Rémunération : 2 200€ brut mensuel puis 2 300€ brut mensuel à partir du 01/01/2026.

La thèse se déroulera au Centre d’Études Biologiques de Chizé (CEBC UMR CNRS-LRUniv. 7372), au sein de l'équipe Résilience.

Les relations entre agriculture et biodiversité constituent le cœur des recherches de l’équipe Résilience. La régulation des populations, l’assemblage des communautés, la gestion durable des ressources naturelles, l’identification de systèmes de culture innovants qui concilient, dans les agro-écosystèmes céréaliers, production agricole, besoins socio-économiques et préservation de la biodiversité sous toutes ses facettes (patrimoniale, ordinaire et fonctionnelle), ou enfin les liens citoyens-nature sont ainsi nos thématiques principales de recherche. Des enjeux sociétaux considérables entourent aujourd’hui les espaces agricoles : réduire les conséquences et externalités négatives de cette activité sur l’environnement (biodiversité, eau, santé publique), répondre au défi du changement global, tout en continuant à produire en quantité et qualité suffisantes pour satisfaire la demande alimentaire humaine croissante. Nous focalisons nos recherches sur une alternative au modèle productiviste prévalent, reprise sous le concept d’agro-écologie.

Vous êtes diplômé·e de master dans le champ disciplinaire correspondant et souhaitez vous investir dans un projet de recherche innovant pour les prochaines années. Vous savez faire preuve de rigueur et d'autonomie et souhaitez développer vos compétences et connaissances en projet et méthodologie scientifique.