Contributions des microbiotes dans l'apparition de l'entérocolite ulcéro-nécrosante chez les enfants prématurés // Contributions of Microbiota to the Onset of Necrotizing Enterocolitis in Premature Infants

UMR INRAe 454 Microbiologie Environnement Digestif et Santé, Université Clermont Auvergne (M. DESVAUX)

Directeur de thèse : Pierre PEYRET (PR), co-encadrant Sophie COMTET-MARRE (IR)
pierre.peyret@uca.fr ; sophie.marre@uca.fr

Contributions des microbiotes dans l'apparition de l'entérocolite ulcéro-nécrosante chez les enfants prématurés

Les microbiotes associés au corps humain se mettent en place progressivement à partir de la naissance, avec une forte dynamique durant la période des 1000 premiers jours de vie. Les périodes « d'opportunités » d'acquisition des microbiotes et d'apprentissage du système immunitaire vont conditionner le bien-être et la santé tout au long de la vie. La complexité des microbiotes rend souvent difficile l'établissement de liens directs de cause à effet de l'apparition de différentes pathologies lors de dysbiose ou de perturbation du dialogue mère-enfant et enfant-environnement. L'entérocolite ulcéro-nécrosante (ECUN) est une complication digestive des nouveau-nés prématurés qui survient de manière imprévisible avec une progression fulgurante. L'ECUN a des graves conséquences, avec une mortalité entre 15 et 40% et une morbidité digestive et neurodéveloppementale à moyen et long terme. Le microbiote intestinal pourrait jouer un rôle majeur. L'objectif de la thèse est d'évaluer la contribution du microbiote du lait dans la mise en place du microbiote digestif des enfants prématurés, pour une meilleure compréhension de la pathophysiologie de cette maladie. Les échantillons qui seront analysés par des approches de métagénomique proviennent d'une cohorte mère-enfant constituée en collaboration avec les cliniciens du service de Pédiatrie du CHU de Clermont-Fd (Pr. MERLIN, Dr. PONS).
Chakoory O, Comtet-Marre S, Peyret P. 2022. RiboTaxa: combined approaches for rRNA genes taxonomic resolution down to the species level from metagenomics data revealing novelties. NAR Genom Bioinform 4:lqac070.
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UMR INRAe 454 Microbiologie Environnement Digestif et Santé, Université Clermont Auvergne (M. DESVAUX)

Thesis director : Pierre PEYRET (PR), co-supervisor Sophie COMTET-MARRE (IR)
pierre.peyret@uca.fr ; sophie.marre@uca.fr

Contributions of Microbiota to the Onset of Necrotizing Enterocolitis in Premature Infants

The microbiota associated with different parts of the human body are gradually established from birth, with a strong dynamic during the first 1000 days of life. Several 'windows of opportunity' for microbiota acquisition and immune system training will condition well-being and health throughout life. The complexity of microbiota often makes it difficult to establish direct causal links between the onset of different pathologies during dysbiosis or disruption of the mother-child and child-environment dialogue. Necrotizing enterocolitis (NEC) is a digestive complication of premature newborns that occurs unpredictably with fulminant progression. NEC has serious consequences, with a mortality rate between 15 and 40% and medium- and long-term digestive and neurodevelopmental morbidity. The intestinal microbiota could play a major role. The objective of the thesis is to evaluate the contributions of the milk microbiota to the establishment of the digestive microbiota of premature infants, for a better understanding of the pathophysiology of this disease. The samples that will be analyzed by metagenomics come from a mother-child cohort established in collaboration with the clinicians of the Pediatric Department of the Clermont-Ferrand University Hospital (Pr. MERLIN, Dr. PONS).

Chakoory O, Comtet-Marre S, Peyret P. 2022. RiboTaxa: combined approaches for rRNA genes taxonomic resolution down to the species level from metagenomics data revealing novelties. NAR Genom Bioinform 4:lqac070.
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Début de la thèse : 01/10/2025

Contrat doctoral

Concours pour un contrat doctoral

Université Clermont Auvergne

65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement

Formation en bioinformatique. Analyses de données métagénomiques. Connaissances sur les microbiotes.
Bioinformatic skills. Metagenomic data analysis. Microbiota knownledge.