Assemblage et stabilité des communautés microbiennes sessiles des habitats aquifères

Les habitats d’aquifères constituent des environnements difficiles pour la vie des microorganismes, en raison de leur faible teneur en carbone organique et en nutriments, de leurs sources d'énergie limitées et de la disponibilité fluctuante de l'eau comme moyen de transport des nutriments.  Les aquifères sont composés de roches saturées à insaturées, dont la fracturation, la formation de failles et la perméabilité varient selon les propriétés de la roche et l'histoire géologique de la zone concernée. Les microbes sessiles (attachés à la surface) sont considérés comme plus abondants et actifs que les organismes planctoniques vivant dans les eaux souterraines, et la diversité des deux communautés s'est avérée distincte. Néanmoins, cette composante du microbiote souterrain a rarement été étudiée. Les microbes mobiles possèdent l'avantage de la chimiotaxie pour détecter les nutriments ou les gradients chimiques dans les eaux souterraines.  Bien que nous sachions que les microbes peuvent passer d'un mode de vie aquatique à un mode de vie fixé sur des surfaces solides, on en sait peu sur la dynamique de ces échanges entre les deux habitats et sur la stabilité de la communauté sessile au fil du temps. De plus, l'impact des caractéristiques des roches (composition minérale et rugosité) sur la colonisation microbienne de surface reste non élucidé. Nous émettons l'hypothèse que la colonisation microbienne des surfaces rocheuses influence les caractéristiques des roches, telles que l'altération, et que les activités microbiennes sessiles participent au façonnement des strates souterraines. 

Trois thèmes seront abordés :

1) L’'impact des caractéristiques des roches sur la colonisation microbienne et l'impact des activités microbiennes à la surface des roches,

2) Existe-t-il des échanges constants entre les communautés planctoniques et sessiles et comment sont-ils influencés par les conditions abiotiques, et

3) Existe-t-il une communauté stable à long terme établie à la surface des roches et est-elle résiliente aux perturbations environnementales ?

Le/la candidat recevra une formation en écologie microbienne, microbiologie, écologie des systèmes aquatiques, en génomique, bioinformatique et recherche expérimentale. Le/la candidate aura la possibilité d’aller sur le terrain, et d’échantillonner.

Le laboratoire Lazar fait partie du département des Sciences Biologiques à l'UQAM, qui est un environnement dynamique pour la recherche en écologie (aquatique, comportementale, foresterie), toxicologie et biologie médicale. Il est à la pointe de la technologie avec des plateformes telles que le CERMO-FC. Le laboratoire Lazar fait aussi partie des groupes de recherche GRIL, GEOTOP et GREEIB, qui offrent aux étudiants membres du laboratoire l'accès à des plateformes analytiques, séminaires, encadrement et interactions avec les membres d'autres laboratoires menant des recherches dans les domaines de l'écologie aquatique, les géosciences ou les interactions biologiques.

Dans le laboratoire Lazar, nous cherchons à comprendre comment les communautés microbiennes sont influencées par leur milieu extérieur, comment les communautés microbiennes influencent leur milieu extérieur, et comment ces populations interagissent entre elles. Nous nous focalisons principalement sur les habitats terrestres souterrains et aux populations microbiennes fossiles témoins d'autres temps historiques.

Le/la candidat(e) retenu(e) devra idéalement posséder une maîtrise (ou Master) en Microbiologie, Biologie, Écologie, ou Sciences Environnementales, saura démontrer un potentiel en recherche, et montrera un intérêt vif pour l’écologie microbienne et l’écologie des milieux aquatiques et souterrains. De l’expérience dans les domaines de la microbiologie (méthodes culturales), biologie moléculaire, analyses statistiques, et/ou bioinformatiques seront considérés être un atout.