Nouvelles stratégies de lutte contre les clones de Klebsiella pneumoniae multi-résistants aux antibiotiques

L’antibiorésistance constitue une urgence sanitaire mondiale. Les souches de Klebsiella pneumoniae (Kp) productrices de carbapénèmase sont classées comme des pathogènes prioritaires « critiques » par l’OMS, car elles sont responsables d’infections graves associées à forte mortalité. En France, le clone ST307 fait partie des clones les plus prévalent en milieu hospitalier. Il se caractérise notamment par et sa forte association avec le sérotype capsulaire KL102, cible antigénique pertinente pour le développement d’immunothérapies spécifiques.

L’épidémiologie des Kp ST307 reste mal décrite, notamment dans les compartiments animal et environnemental, malgré des signalements dans ces réservoirs au niveau international. En l’absence de données françaises, il est urgent de mieux comprendre les dynamiques de transmission de ce clone selon une approche intégrée « One Health ». Par ailleurs, dans un contexte de raréfaction des options antibiotiques, les anticorps (Ac) monoclonaux dirigés contre des antigènes de surface bien conservés apparaissent comme une alternative thérapeutique prometteuse. La forte spécificité du lien entre ST307 et KL102 rend envisageable le développement d’une immunothérapie ciblée, à visée curative ou prophylactique.

Ce projet de thèse s’articule autour de trois objectifs complémentaires :

1. Décrire la circulation du clone ST307 entre l’homme, l’animal et l’environnement en France, par analyse génomique comparative des souches collectées via le réseau national du CNR.

2. Produire et caractériser des Ac monoclonaux dirigés contre la capsule KL102 à partir de modèles murins, en évaluant leur spécificité et leur activité bactéricide.

3. Développer un outil de détection rapide du ST307 basé sur l’analyse des profils MALDI-TOF couplée à des algorithmes de machine learning.

À plus long terme, les Ac monoclonaux obtenus pourront être humanisés en vue d’un usage thérapeutique. Ils pourraient également servir de base à des tests immunochromatographiques de diagnostic rapide multiplex, facilitant l’identification ciblée des clones épidémiques de Kp en routine. Ce projet, à la croisée de la microbiologie, de l’immunologie et du diagnostic, répond à des enjeux majeurs de santé publique et de médecine translationnelle.

La thèse se déroulera dans l'UMR 1184 IMVA-HB Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes dirigé par le Dr Roger Legrand au sein de l'équipe RESIST, spécialisée dans les résistances émergentes aux antibiotiques chez les bacilles à Gram négatif.

Le laboratoire de l'équipe RESIST se trouve dans le batiment de recherche situé à la faculté de Médecine dans l'enceinte de l'hopital Bicêtre.

Le candidat ou la candidate recherché(e) pour ce projet devra avoir une expérience en immunologie ainsi que des connaissances solides en bactériologie. Le projet requiert une appétence de la bio-informatique notamment autour de l'analyse de génomes bactériens.

Le travail de thèse necessitera un travail en équipe qui sera indispensable à la bonne réussite. Le/la candidat(e) devra posséder une facilité de communication pour le travail en équipe.

L'anglais scientifique doit être maitrisé.

Niveau de Français B2 minimum requis