Stage M2 – Analyse de la dynamique des communautés microalgues-bactéries au sein de cultures de microalgues

Le/la stagiaire travaillera en interaction avec les équipes de recherche du laboratoire GEPEA (UMR CNRS 6144), sur les sites de Saint-Nazaire et de La Roche-sur-Yon. Il/elle collaborera étroitement avec les personnels (doctorants) en charge des cultures en photobioréacteurs et les spécialistes des techniques analytiques mobilisées.

Des déplacements ponctuels (campagnes d’analyses) entre les sites de Saint-Nazaire et La Roche-sur-Yon sont à prévoir.

Les microalgues représentent une ressource biologique prometteuse pour répondre à plusieurs enjeux environnementaux et énergétiques, notamment la biofixation du CO₂, la production de biomolécules d’intérêt dont les lipides valorisables en biocarburants. En pratique, les cultures de microalgues sont souvent non axéniques : elles hébergent fréquemment des communautés bactériennes associées formant la phycosphère. Les interactions microalgues - bactéries peuvent être bénéfiques (production d’hormones de croissance, amélioration de la productivité lipidique, apport en nutriments, etc.) ou délétères (effets algicides, compétition pour les ressources). Comprendre la dynamique de ces communautés est essentiel pour mieux contrôler et optimiser les performances des photobioréacteurs.

Objectifs du stage

L’objectif du stage est de caractériser les communautés bactériennes associées à des cultures de microalgues à différentes étapes :

• A réception des souches, après achat auprès de banques de culture
• Au cours de la préservation, par repiquage successifs
• En culture au sein de photobioréacteurs.

Deux espèces modèles seront étudiées : Gephyrocapsa huxleyi et Botryococcus braunii.

Missions

• Collecte d’échantillons à différentes étapes des cultures
• Caractérisation des communautés microalgues/bactéries par des approches aculturales (cytométrie en flux, séquençage haut débit, qPCR) 
• Développement, adaptation et optimisation de protocoles expérimentaux en fonction des besoins analytiques et des spécificités des souches étudiées
• Analyse, interprétation et valorisation des données expérimentales

Formation en microbiologie, biologie moléculaire ou biotechnologie

Curiosité scientifique, sens de l'organisation et rigueur

Qualités relationnelles et goût pour le travail en équipe